دانشكده مديريت و اقتصاد دانشگاه سيستان و بلوچستان فعاليت خود را با تاسيس رشته مديريت دولتي در سال ۱۳۷۱ و با پذيرش ۹۲ نفر دانشجو در مقطع كارشناسي آغاز نمو د. در سال ۱۳۷۲ رشته حسابداري اين دانشكده راه اندازي شد. از سال ۱۳۷۴ گروه اقتصاد کشاورزی با پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی شروع به کار کرده و سپس به ترتیب در سالهای ۱۳۷۵ و ۱۳۷۷ گروه اقتصاد صنعتی و اقتصاد بازرگانی اقدام به پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی نمود. از سال ۱۳۸۱ به بعد به دنبال كسب شاخص هاي لازم جهت ايجاد رشته هاي جديد، يك رشته گرايش در مقطع كارشناسي و هفت رشته گرايش در مقطع كارشناسي ارشد به گرايشات موجود افزوده شد.

دهه ۸۰ دهه شكوفايي و ترقي چشمگير اين دانشكده بود به گونه¬اي كه دانشکده طي اين سالها توانسته است با رشته گرايش های مختلفی (تشكيلات و روشها، مديريت فناوري اطلاعات گرايش كسب و كار الكترونيكي، مديريت بازرگاني گرايش مالي و گرايش تحول، حسابداري، اقتصاد کشاورزی، اقتصاد نظری و مديريت كارآفريني در گرایش های سازماني، توسعه، بخش عمومی و کسب و کار جدید) در مقطع كارشناسي ارشد و دکتری در رشته های مدیریت مالی، مدیریت دولتی، اقتصاد کشاورزی و علوم اقتصادی پذيراي دانشجوياني از نقاط مختلف كشور عزيزمان باشد. در حال حاضر اين دانشكده داراي هفت رشته گرايش در مقطع كارشناسي، ۱۴ رشته گرايش در مقطع كارشناسي ارشد و ۹ رشته گرایش در مقطع دکتری مي باشد. همچنين تعداد دانشجويان اين دانشكده ۱۲۶۰ نفر و اعضاي هيئت علمي آن ۲۸ نفر ثابت و ۳۳ نفر مدعو هستند كه از اين ميان ۴ نفر از اعضاي هيئت علمي دانشكده مامور به تحصيل در مقطع دكتري در دانشگاههاي مختلف داخل وخارج از كشور مي باشند . شايان ذكر است كه تعداد قابل توجهي از فارغ التحصيلان كارشناسي اين دانشكده در سالهاي اخير توانسته اند در آزمون كارشناسي ارشد رتبه هاي برتر و ممتاز را كسب نموده و به مقاطع تحصيلات تكميلي راه يابند كه اين افتخار نشانگر توانگري و شايستگي اعضاي هيئت علمي اين دانشكده مي باشد. دانشكده مديريت و اقتصاد داراي امكاناتي همچون سالن سمعي بصری، مركز كامپيوتر وي‍ژه دانشجويان تحصيلات تكميلي و همجنين چندين كلاس مجهز به سيستم Video Projection مي باشد. همجنين در اين دانشكده انجمن هاي علمي گروه‌های مديريت و اقتصاد فعاليت خود را از سال ۱۳۸۰ آغاز نمودند و از جمله انجمن های علمی فعال دانشگاه می باشند.