تاریخچه رتبه‌بندی دانشگاه‌ها، به سال 1925 باز می‌گردد، که در آن دانشگاه‌های مختلف آمریکا توسط یک استاد دانشگاه رتبه‌بندی شده بود. ملاک این رتبه‌بندی این بوده است که فارغ التحصیلان دانشگاه‌های مختلف آمریکا در چه سازمان‌هایی مشغول به کار هستند و چه پست های کلیدی را دارا هستند. پس از آن در سال 1982، موسسه US news، دانشگاه‌های آمریکا را رتبه‌بندی کرد. اولین رتبه‌بندی جهانی، توسط دانشگاه شانگهای چین در سال 2003 به دستور رئیس جمهور وقت چین انجام شد، به این ترتیب که از دانشگاه شانگهای خواسته شد دانشگاه های چین را با دانشگاه های جهان مقایسه کنند. به این ترتیب،  روش‌شناسی به وجود آوردند که در آن شاخص‌هایی مثل جوایز نوبل، جوایز فیلدز، مقالات چاپ شده در nature  و science  و ... را در نظر گرفتند و بر این اساس رتبه‌بندی ARWU را به وجود آوردند که امروزه یکی از مهم‌ترین و قدیمی‌ترین رتبه‌بندی‌ها می‌باشد.

پس از آن موسسه تایمز (times) در سال 2004 با همکاری موسسه کاکارلی سیموندز (QS) رتبه‌بندی جدیدی به‌وجود آوردند. تا سال 2009 این همکاری ادامه داشت ولی از سال 2010 موسسه QS به صورت مستقل روش‌شناسی جدیدی برای رتبه‌بندی ارائه و استفاده نمود و تایمز با همان روش‌شناسی قبلی با همکاری موسسه تامسون رویترز (Thomson Reuters) به کار خود ادامه داد. امروزه رتبه‌بندی‌های مهم دیگری همچون  وبومتریکس (Webometrics)، گرین متریک (GreenMetric)، دانشگاه لیدن هلند (Leiden)، سایماگو (SIR)، پایگاه استنادی جهان اسلام (ISC)، و ... نیز وجود دارند و همچنان با گذشت زمان، سیستم‌های رتبه‌بندی جدید با اهداف مختلفی در حال ظهور هستند ولی رتبه‌بندی‌های تایمز، QS و شانگهای جز برترین رتبه‌بندی‌ها هستند.

همه نظام‌های رتبه‌بندی، معیارهای کلی از قبیل پژوهش، آموزش، منابع انسانی، منابع مالی، بین المللی سازی، خدماتی که دانشگاه‌ها عرضه می‌کنند و ... را مدنظر قرار می‌دهند. در هریک از موارد، دسته‌بندی‌های مختلفی وجود دارد. به عنوان مثال در مورد آموزش،  فاکتورهایی مثل نسبت تعداد اعضای هیات علمی به تعداد دانشجویان، نسبت  تعداد اعضای هیات علمی با مرتبه استاد تمام به نسبت کل اعضای هیات علمی و شاخص هایی از این دست تاثیرگذارند. در پژوهش نیز شاخص‌های متفاوتی از قبیل تعداد مقالات، اهمیت مقالات، تعداد اختراعات، جذب گرنت‌، دانشجویان پسا دکتری و ... دارای اهمیت است.