اداره كل تحصيلات تكميلي دانشگاه كه بازوي اجرايي معاون آموزشی و شوراي تحصيلات تكميلي دانشگاه است، زير نظر مدير کل تحصيلات تكميلي دانشگاه فعاليت مي نمايد. انجام امور اداري مراحل مختلف تحصيل دانشجويان دوره هاي تحصيلات تكميلي مانند: ثبت نام، فارغ التحصيلي، بررسي كمي و كيفي تحصيل دانشجويان كارشناسي ارشد و دكتري، پیشنهاد موارد خاص که در آیین نامه پیش بینی نشده جهت تصویب در شورای آموزشی دانشگاه، و به طور كلي نظارت بر حسن اجراي آيين نامه هاي مصوب وزارت علوم، تحقيقات و فناوري، و همچنين شوراي تحصيلات تكميلي دانشگاه به شرحی که در آیین نامه آمده بر عهده اين اداره کل است.
سعي دانشگاه سيستان و بلوچستان در سالهاي اخير همواره بر اين بوده است كه شرايطي را فراهم آورد تا بتواند گام هاي موثري را در جهت توسعه تحصيلات تکميلي در استان سيستان و بلوچستان بردارد. توسعه تحصيلات تکميلي و افزايش تعداد رشته و گرايش ها، افزايش چشمگير دانشجويان در دوره هاي تحصيلات تکميلي را به دنبال داشته است.